Sau khi chính quyền của Tổng Thống Ngô Đình Diệm từ chối không chịu hiệp thương và tổng tuyển cử, Hà Nội bắt đầu ra lệnh cho các cán bộ còn lại tại miền Nam ước lượng khoảng trên mười ngàn người tái hoạt động. Cán bộ Cộng sản xuất hiện trở lại tại các làng xã, tổ chức mít tinh tuyên truyền về chiến thắng tại Genève, đòi hỏi hiệp thương và thống nhất với miền Bắc. Tại nhiều làng xã nhất là thuộc vùng Cà Mau, Rạch Giá nơi các lực lượng Việt Minh kiểm soát trước khi đình chiến, hình ảnh Hồ Chí Minh và bản tuyên ngôn kết thúc của hội nghị Genève xuất hiện trên tường từng nhà một. Trong khi đó tại Sài Gòn và các thành thị các cán bộ cộng sản hoạt động dưới một hình thức che dấu hơn. Qua những tổ chức bề nổi không có gì là Cộng Sản như Phong Trào Hòa Bình để thu hút các sinh viên học sinh và các nhà trí thức khuynh tả không cộng sản
Nhưng tất cả lại rơi vào thứ hoang tưởng ghen tuông vào thời kỳ này, các lãnh tụ của cả hai bên với những hiện tượng vô lý hay những bằng chứng không rõ rệt như khẳng định sự vi phạm vĩ tuyến 17, nơi phân ranh giữa hai miền, hai bên đều tố cáo lẫn nhau đã có vi phạm. Hành vi của họ luôn luôn đổ lên người dân cả hai miền trong sự kiểm soát ngày càng chặt chẽ hơn, chuyện vạch lá tìm sâu khiến nạn nhân là các công dân vô tội trong sự chụp mũ vu cáo cho nhau.
Tất cả thư tín của người thân gởi cho nhau giữa hai miền hầu như không còn nữa, những người miền Nam có con tập kết ra Bắc thường xuyên có thư tín qua nhiều đường trung chuyển khác nhau vẫn đến được xứ tự do, nhưng ngược lại với các người dân miền Bắc mà nhận được lá thư nào từ người thân gởi ra thì đó quả là bản án tử hình không tuyên bố. Miền Bắc đặt dưới sự cai trị của công an, nét chung của các chế độ độc tài là vậy.
Tục ngữ dân gian Việt Nam có câu ‘vỏ quýt dày có móng tay nhọn’ số VC nằm vùng liền bị chính phủ Ngô Đình Diệm bắt và giết chết, trên hai ngàn người tình nghi là cộng sản bị bắt giữ, một số bị tử hình hoặc thủ tiêu. Những cán bộ nào không bị bắt thì lẩn trốn không hoạt động. Các cuộc biểu tình do Cộng Sản xách động hầu như không còn xảy ra nữa. Đến đầu năm 1957, các cơ sở đảng Cộng Sản tại miền Nam bắt đầu rơi vào một tình trạng nguy ngập với nguy cơ bị tiêu diệt. Với hầu hết các lực lượng vũ trang tập kết ra Bắc, các lực lượng còn lại của cộng sản Việt Nam không ở trong một vị thế có thể đối phó lại với cuộc tấn công của chính quyền miền Nam Việt Nam.
Tại nông thôn, điều mà người nông dân mong muốn nhiều nhất là hòa bình và an ninh, thế nhưng sau ba vụ cải cách ruộng đất của Việt Minh, của Quốc Trưởng Bảo Ðại và của Tổng Thống Diệm. Trong tất cả ba miền của nước Việt, miền Nam là vùng đất cần có cải cách ruộng đất nhất, rõ ràng là cần phải được sửa đổi. Với những cải cách của ông Bảo Ðại, cải cách của ông Diệm đạt được những tiến bộ, và đã làm cho người dân có cuộc sống thỏa mái hơn. Riêng miền Bắc đã mang lại không biết bao nhiêu đau thương mất mát cho nhiều gia đình.          
Đó là hoang tưởng tự cao, các lãnh tụ miền Bắc tự cho mình thông minh, tài giỏi, xuất chúng, việc gì cũng làm được, sức lực mạnh mẽ không ai bằng... Họ cho mình có thể chỉ huy tất cả thế giới qua học thuyết Mác Lê. Và chuyện có địa vị cao, quyền lực lớn, vàng bạc châu báu hàng kho như Mác nói: của cải như không khí… con người như thánh hiền, song qua thực tế với thứ chủ nghĩa này đã biến con người thành kẻ cướp, thậm chí cả cướp ngày là quan.
Ngày 6 tháng Năm 1959, chính phủ Ngô Đình Diệm đưa ra luật số 10/59 thiết lập những tòa án quân sự đặc biệt để xử những thành phần bị tình nghi là hoạt động cho Cộng Sản. Dựa vào cớ đó, một tuần sau, vào ngày 13 tháng Năm 1959, Hà Nội công bố nghị quyết của đại hội 15 quyết định dùng vũ lực thôn tính miền Nam. Với khẩu hiệu “tuyệt đối bí mật, tuyệt đối an toàn”, hai đơn vị đặc biệt được thành lập để vận chuyển vũ khí và xâm nhập người vào miền Nam để tổ chức bạo động vũ trang: "Đoàn Vận Tải Quân Sự 559" có nhiệm vụ xây dựng một con đường băng qua Lào - con đường này sau trở thành “đường mòn Hồ chí Minh” nổi tiếng trong chiến tranh Việt Nam - và “Đội tàu đánh cá sông Gianh” có nhiệm vụ chuyển vũ khí và xâm nhập người vào miền Nam qua đường biển. Lần lượt các cán bộ Việt Minh tập kết ra Bắc vào năm 1954 được gởi vào miền Nam qua hai con đường này để nắm lấy vai trò lãnh đạo cho cuộc chiến tại miền Nam.
Bước sang đầu năm 1960, cái gọi là phong trào “đồng khởi” bắt đầu, mở đường cho cuộc chiến, đưa tình hình Việt Nam sang một giai đoạn mới.
Đại hội đảng Lao Động lần thứ 3 vào tháng Chín 1960 chính thức chấp thuận việc dùng vũ lực xâm chiếm miền Nam tuy rằng chỉ đặt tầm quan trọng của việc xâm lược ngang với việc xây dựng xã hội chủ nghĩa ở miền Bắc. Tháng 12 năm 1960, dưới sự chỉ đạo của Hà Nội, một Mặt Trận Dân Tộc Giải Phóng Miền Nam được thành lập nhằm tập họp những phần tử chống ông Diệm ở miền Nam dưới sự lãnh đạo của những người Cộng Sản. Mục tiêu chính là để che giấu bàn tay của miền Bắc và che mắt dư luận quốc tế, nói rằng cuộc nổi dậy tại miền Nam là hoàn toàn bộc phát tự trong nội bộ miền Nam.
Hậu quả là tình trạng bạo động tại miền Nam kể từ 1959 đã tăng vọt hẳn lên. Nếu năm 1958 có khoảng 700 viên chức chính phủ Việt Nam Cộng Hòa bị ám sát chết thì đến năm 1960 con số này đã tăng lên đến 2.500 người. Bắt đầu từ 1959, các hoạt động quân sự của Việt Cộng cũng chuyển từ những vụ tấn công đột kích nhỏ sang thành những cuộc tấn công quy mô vào những làng xã do chính quyền miền Nam kiểm soát hoặc là những đơn vị quân đội lẻ tẻ. Mạng lưới tình báo và tuyên truyền bị ông Diệm triệt hạ trong những năm trước được xây dựng lại và một chiến dịch vận động chính trị rộng lớn được tung ra tại các vùng thôn quê. Lợi dụng những chính sách sai lầm của ông Diệm, chiến dịch tuyên truyền của Cộng Sản đã thành công khá nhiều tại các vùng quê thành ra khi Mặt Trận Dân Tộc Giải Phóng Miền Nam được thành lập thì các tổ chức Việt Cộng đã có được hàng chục ngàn người đi theo và hiện diện tại nhiều làng mạc tại miền Nam.
Trong lúc Hà Nội bắt đầu tổ chức những cuộc xâm nhập người và vũ khí vào miền Nam để thực hiện mục tiêu thôn tính thì Hồ đi lại giữa Bắc Kinh và Moscow để tìm cách vận động viện trợ và ủng hộ cũng như là tìm cách hàn gắn sự rạn nứt giữa hai nước đàn anh.
Nhưng những tiến bộ trong việc xây dựng kế sách Ấp chiến lược đã tạo ra nhiều bất an cho phía Cộng Sản. Theo các sử liệu nói rằng chính quyền Sài Gòn đã xây dựng được 5.000 ấp chiến lược trên toàn quốc và Việt cộng đã không ngăn chặn được kế hoạch bao vây diệt cộng này. Ngược lại, nhìn vào tổng thể, quốc sách Ấp chiến lược đã lan toả sâu vào tận các khu vực nông thôn.
Kế sách ấp chiến lược cũng chỉ là một mô hình đã có ở Mã Lai Á trước đó để ngăn chận các phiến quân, nhưng rất nhiều người hoang tưởng đó là phát minh của Ông Cố Vấn Ngô Đình Nhu, nó giống như trong y học người bệnh tuy không học tập về y khoa nhưng cho rằng mình đã phát minh ra những phương pháp điều trị các bệnh nan y có kết quả và viết tài liệu phổ biến các phương pháp đó... Người bệnh tự cho mình nghĩ ra những phát minh mới về vật lý, hoá học độc đáo kỳ lạ, những phương án cải tạo và xây dựng xã hội phi thực tế và đem trình bày với mọi người, tìm cách thuyết phục họ thừa nhận. Ở đây Ông Nhu đã thành công trong việc ngăn chặn khủng bố, phá hoại của Việt cộng mang lại an sinh cho người dân miền Nam cho đến khi Ông bị lật đổ, kế sách này cũng bị phá hoại theo và thật sự miền Nam thời đó đã không có con người đủ tầm cỡ để lấp chỗ trống của Ông Ngô Đình Nhu, vừa trên bình diện lý thuyết và thực hành nhuần nhuyễn có hiệu quả trong thực tế. Người ta ghét Ông Nhu vì thật sự Ông là người có tài và mang lại nhiều hiệu quả bảo vệ cho sự tự do của người dân miền Nam hơn là bảo gia đình trị vì bên kia đại dương, bào đệ của Tổng Thống Kennedy cũng đảm trách Bộ Trưởng Tư pháp trong chính phủ của bào huynh như vậy. Đúng như dân gian Việt Nam có câu ‘thương nhau trái ấu cũng tròn, ghét nhau trái bồ hòn cũng méo’. Một khi không ưa nhau hay vì một lý do riêng tư nào đó mà phần u minh lấn lướt cái lý trí.

***